干货分享丨GEO数据上传操作指南

发布网友 发布时间：2024-10-18 21:36

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热心网友 时间：2024-11-12 03:19

GEO数据库，作为全球基因表达数据的重要存储平台，自2000年成立以来，已成为众多科研人员分享和检索高通量测序数据的首选。对于发表文章时至关重要的数据上传环节，尤其是单细胞研究，可能会让不少老师感到困惑。本文将详细介绍单细胞数据上传GEO的详细操作步骤，帮助您顺利完成这个过程。

第一步：准备工作

上传GEO数据前，你需要准备NCBI账号以及符合MIAME标准的原始或处理过的数据，包括web、spreadsheets、XML和纯文本格式。若尚未有账号，需通过ncbi.nlm.nih.gov/accoun...进行注册并激活。

第二步：进入GEO数据上传页面

登录NCBI后，选择"Submit"，进入"Other Tools"找到GEO入口，开始上传流程。

上传时需要提供3类文件：元数据表格、处理数据和原始数据。元数据表格需填写研究信息、样本信息、处理流程和文件名等，参考模板中的RNA-seq、ChIP-seq、scRNA-seq和CITE-seq的填写指南。

将所有文件打包到一个文件夹，并确保使用gzip或bzip2压缩。使用FileZilla软件连接ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，上传至个人工作区，记得创建metadata spreadsheet、processed data files和raw data files三个子文件夹，并正确上传对应内容。

第五步：邮件确认

上传完成后，一周内注意查看GEO的邮件反馈，可能需要修改或重新上传。顺利通过审核后，你将获得GEO号，标志着数据上传完成。

以上就是完整的GEO数据上传操作指南，希望对你的研究工作有所帮助。若有任何疑问，欢迎在评论区提问。