GEO数据库基本信息
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发布时间：2024-10-23 20:54
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时间：2024-11-01 11:03
GEO数据库，作为全球基因表达数据的权威存储库，由NCBI创建并维护，网址为ncbi.nlm.nih.gov/geo。它收录了来自全球科研人员的多种高通量基因表达数据，包括微阵列芯片、二代测序等，所有数据均可以免费获取。
GEO的数据组织结构清晰，分为两个子数据库：GEO DataSets以实验数据集为单位，记录一个实验的所有信息；而GEO Profiles则按基因表达谱进行存储，每个基因在数据集中的表现都可查找。数据以五级分类：Platforms（以GPL开头，如GPL570，代表实验平台）、Series（GSE开头，如GSE57，代表完整的实验方案）、Datasets和Profiles（GDS和流水号，如33759453，代表整理后的数据）、以及Samples（GSM开头，如GSM134584，代表实验样本）。并非所有上传数据都会被整理，只有经过官方评估的才会成为GDS或Profiles。
GEO提供丰富的数据类型，包括基因表达、非编码RNA表达、基因组甲基化、变异和单核苷酸多态性数据，以及蛋白微阵列芯片和高通量测序数据（高通量测序原始数据存于SRA，处理后的数据在GSE）。在GEO首页，用户可以根据数据类型和组织结构进行查找，数据可通过网站或FTP下载。使用GEO数据进行研究时，别忘了引用其相关文献。
