公寓产权40年后，并不需要再重新的购买，只需要补缴相关的土地出让金，那么产权将会自动存续。我国《物权法》第149条有相关明确的规定，其中说明住宅建设用地使用权期间届满的，可以自动续期。
1、产权年限不同。
首先，房屋的使用时间是没有限制的，但土地产权的使用是有年限的。一般来讲，土地使用年限会分为40年、50年和70年，其中，商业用地为40年，住宅用地为70年。
2、水电收费标准不同。
住宅属于民用住房，水电费按照民用水电的标准来收取;而商业公寓属于商用住房，水电费都是按照商业用水、用电的标准来收取的。长远来看，住宅的水电费支出会比商业公寓的支出节省一半。
3、解决户口规定不同。
商业公寓是在商业用地上建起来的项目，是商业性质，因而不能解决户口问题。如果是住宅的话，根据不同地区的不同要求，只要满足一定的条件，购房者是可以解决户口问题的。
4、居住舒适度不同。
一般住宅为两梯三户或者四户，人员较少，不会对出行造成困扰，私密性也比较好;而商业公寓通常为两梯十户，甚至更多，人员不仅多而且杂乱，安全性和私密性都无法得到很好地保障。
5、利率和首付不同。
如果打算贷款购买商业公寓，则需要按照商业住房的规定办理，首套房首付比例一般不低于40%，贷款利率相对也会高一些。若是贷款购买住宅，首付比例通常不低于35%，但根据地区的差异，首付比例也会有所不同。
6、采光条件不同。
有些商业公寓的卫生间和厨房都没有窗户，而且阳台也是内阳台，采光条件并不是很好。而根据《住宅建筑设计规范》的规定，住宅必须满足日照、采光等相关条件，因此现今的住宅大多都是明厨明卫，采光条件会比商业公寓好很多。