人流手术一般都不是在直视下操作，若操作不规范或生殖器炎症尚未得到治疗而手术，均可造成手术后并发症，影响再次受孕，临床上多数不再忍受的继发性不孕患者都是由于人流术后的并发症所致。主要的并发症有宫颈内口或宫腔粘连，子宫内膜功能层受损，输卵管堵塞等。
宫颈内口或宫腔粘连
主要是由于子宫内膜损伤后并发感染所致，宫颈内口粘连，月经血补能外流，积在宫腔内，或通过输卵管流向盆腔而引起腹痛，以后可激发盆腔子宫内膜异位症，宫腔粘连程度轻可使月经减少，如果炎症粘连可造成闭经。
子宫内膜功能受损
子宫内膜工受损是由于吸宫或刮宫过度所致，如果内膜功能层部分受损，主要表现为月经量减少，若内膜功能层全部受损，则造成闭经，但无宫腔粘连症。
输卵管堵塞
输卵管堵塞是由于子宫内膜炎症感染导致输卵管炎而引起，和宫颈内口粘连，子宫内膜功能受损一样，可以使精子和卵子的运行，结合受阻，或受精卵着床受影响而导致不孕。
人流后不孕症怎么治疗
宫颈内口粘连可以用探针或扩宫颈的办法分离粘连;宫腔粘连可以用刮宫或宫腔镜下分离粘连，术后短期放置节育器防止再次粘连;
子宫内膜受损可以用中药和性激素治疗有助于恢复功能;
输卵管阻塞可以根据阻塞的不同部位和程度，选用不同的疏通方法或做试管婴儿。
做完流产手术时，内分泌可能出现暂时紊乱，经过一段时间的调整后会变为正常，但也有少数患者可能较长时间不能调整，影响受孕，可采用中西药调经，促排卵治疗。