药物流产方式并非所有怀孕的女性都适合采用，有的女性出现药物流产不全，就会影响子宫收缩以及子宫内膜创面修复，导致阴道流血量明显增多，超过平时月经量的两到三倍，严重还可能出现大出血，导致贫血，休克等症出现。
引发炎症感染患者服用药物之后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，但如果妊娠组织物排除不全，子宫膜复旧，阴道出血时间延长，持续两到三周，甚至一到两个月的话，容易因为慢性失血导致贫血，身体抵抗力下降，这是细菌由阴道逆行，容易导致感染，引起子宫内膜炎，阴道炎，盆腔炎，宫颈炎等各种炎症。
导致内分泌紊乱服用药物流产除了会引起腹痛恶心，腹泻等不良反应以外，药物中的激素对人体也有很大的伤害，抗孕药物中含有抗孕激素，这种抗孕激素会从子宫受体水平干扰孕酮对妊娠的支持作用，打乱内分泌，从而对卵巢，子宫产生伤害，抑制卵巢功能，影响卵泡生长发育，甚至排卵。有的女性药物流产后会发生月经失调。
影响正常生育女性反复妊娠，反复流产，容易导致子宫内膜反复受损，一旦受损过度，以后女性想要怀孕时，就容易发生前置胎盘，引起产前大出血;有的女性流产次数过多的话，还会出现习惯性流产。严重情况下，药流还会导致输卵管堵塞，宫颈粘连，造成不孕的危害。
引发大出血药物流产最大的不足就是容易出现流产不全，一旦妊娠组织没有完全流尽，参与的胎膜组织就会导致雪崩，引起大出血，出现这种现象应该马上输血并进行手术刮宫止血，以免出现生命危险。
痛经症状加重有的女性经历过药流之后会发生痛经严重的症状吗，经期来临时，下腹部会出现痉挛性疼痛或持续性疼痛，并伴随恶心，呕吐，腰酸，乳房胀痛，严重的甚至还会发生昏厥。