妊娠期，胎儿在母体宫内胚胎时，白细胞从肝脏和骨髓中前期多造血功能干细胞抵达胎儿内的胃肠道，沿着正在发育着的胃肠道组织结构成分，包括单层薄上皮细胞的发育，这些白细胞将组成以后肠道黏膜免疫系统。在正常成人，所有的白细胞均来自骨髓，包括那些以后移行至发育成熟的肠道。无论胎儿和成人，T细胞最后的成熟过程是在胸腺。
遗传性免疫缺陷病，诸如影响B细胞发育的Bruton无丙种球蛋白症和影响T细胞和B细胞的严重联合免疫缺陷病，均会发生全身性免疫或黏膜免疫缺陷。胎儿的DC是最早到达近端小肠的白细胞。随后在孕11周龄时，T细胞在肠道出现；CDs+B细胞在16周龄时出现。覆盖在Peyer淋巴结上的M细胞可于孕11周时在末端回肠中出现。
19周龄时，黏膜免疫细胞开始增殖和活动。黏附分子表达及细胞因子，尤其是IL-7和TNF家族包括淋巴毒素或TNF-B共同协调地调节其过程。例如，当回肠的Peyer淋巴结发育，在那里黏附分子局部明显表达。正常胃肠黏膜，即使在出生以前，仍处于一种受调控的生理炎症状态。这些任何免疫成分的缺失，或过多都是不正常的。肠道黏膜免疫系统的发育在足月时仍未完成，并受着很多因素的影响。虽然胎儿的所有营养都来自胎盘。
在孕12~16周，随着胎儿的吞咽，其胃肠道也就暴露于羊水。20周龄时日吞16ml羊水，至足月时增达每日450ml。羊水具免疫活性，含有大量的生长因子、细胞因子和可溶性受体（表1—6-1）。对肥大细胞生存和增殖很重要。静止的（latent）TGF-B：和TGF-B1一旦被胃酸激活，促进黏膜B细胞产生的IgA，减少前炎性细胞因子产生，和引起进一步的分化，基质沉着和肠道内中胚层形成。羊水中的IL-1 RA和可溶性IL-2R（p55）下调细胞因子产生和相应地与IL-1和IL-2竞争影响T细胞激活。其他在羊水中发现的细胞因子和化学因子都能较大地影响胎儿黏膜免疫系统的形成和活性。
此外，高浓度的胎盘激素也会影响此过程。体外试验发现性激素直接调控细胞因子的产生，尤其是T细胞产生IL-10，T、B、髓样和上皮细胞表达化学因子。皮质醇及具有糖皮质激素活性的其他类固醇，不仅通过减少转录因子NFK3能阻抑炎性级联反应，且可直接作用到肠道上皮细胞，使细胞间连结更紧密，减轻水肿和促进成熟。母体免疫系统对胎儿胃肠道发育也有调节作用。
在妊娠晚期，大量母体的IgG主动经胎盘转运至胎儿，使胎儿对某些感染得到被动免疫。未成熟儿易患坏死性小肠结肠炎和对牛奶蛋白产生过敏性一嗜酸细胞性小肠结肠炎，是由于早产而失去较长时期暴露在羊水的优越性，且又不能充分从母体获得被动性抗体，以及早产儿黏膜上皮屏障较弱，使抗原易与进至黏膜上皮下面的白细胞接触。