包括全身及生殖器官检查。全身检查与内科方法相同，特别要注意发育、营养及精神状况，但重点则是生殖器官的检查，检查内容包括：
1、阴茎：
注意有无严重的包茎、硬结、炎症用肿瘤或发育异常。
2、尿道：
有无瘘孔、下裂、硬结。
3、前列腺：
经肛诊可检查其大小，有无硬结、肿物，还可按摩取前列腺液检查。
4、睾丸：
测量其大小、触诊硬度，有无硬结、压痛、肿物，是否为隐睾。
5、精索：
触摸其中输精管的硬度，有无结节、压痛，有无精索静脉曲张。