一、保密的内容
保密的内容主要根据用人单位的具体需要保守的商业秘密和知识产权内容来进行约定。商业秘密，主要是指技术秘密、商业情报及信息等，包括生产工艺、配方、贸易联系、购销渠道等当事人不愿公开的工商业秘密。用人单位在保密内容中应尽可能地详尽的列举，并规定相应的兜底条款。而且随着用人单位的技术秘密和获得的知识产权的不断的更新发展，这些需要保密的内容和范围也应相应作出改变。
二、保密的人员范围
能够接触到用人单位商业秘密、知识产权的人员一般都是职位较为高级的管理和技术人员，这些人是实行保密范围的重点对象。对于那些基本很难接触到用人单位商业秘密和知识产权的人员，从成本及管理效率的角度出发，则不必列入保密的范围。不少保密措施做的较好的单位一般明确规定，某些秘密是只限于某些级别的人员才可以查阅、复制，具有保密需要的文件也会注明保密程度的高低，以此来证明这些本单位已采取了保密措施。
三、保密协议双方的权利和义务
保密协议最主要就是约定双方的权利和义务，包括哪些是需要劳动者保密的具体范围，用人单位对劳动者如何确定保密责任，对保守商业秘密的劳动者给予何种奖励，劳动者应当为保守商业秘密尽到何种义务等义务。一般在保密协议有效期限内，规定劳动者应履行下列义务：1、防止泄露单位商业秘密和技术秘密；2、不得向他人泄露单位企业商业秘密和技术秘密；3、未经合法拥有技术秘密的企业同意，不得使用该技术秘密进行生产与经营活动。
四、保密协议的期限
协议中通常约定的期限包括员工在职期间和员工离职后的一段合理时间，具体时间应该根据单位的实际情况而规定。在保密期限内，负有保密义务的人员应当承担保密义务，除非商业秘密已经公开或者知识产权已经进入公共领域。
五、保密津贴
劳动者在职期间，不少用人单位会按月支付保密津贴，这主要是为了进一步提高职工保密意识和保密的积极性。保密津贴应当在工资单上单独列支，注明费用名称。但是对于保密津贴的支付标准，我国现行法律并无明确规定，企业可视自身情况进行适当规定。
六、违约责任
关于违约责任，一般规定在保密协议有效期限内，劳动者应严格遵守用人单位保密制度，不得泄露单位商业秘密或者技术秘密，不得使用该商业秘密或者技术秘密自行进行生产与经营活动或者为他人进行生产或者经营。劳动者违反保密协议要承担的法律责任，包括赔偿用人单位因此而导致的经济损失、调查费、律师费、公证费等合理费用等，情节严重的，劳动者将有可能面临行政处罚和刑事处罚。