婚后育有两个孩子离婚时抚养权需根据不同情况做出判决，具体如下：
1、夫妻双方就子女抚养协商一致，按双方意愿出具判决书；
2、双方不能协商一致的，法院按照一人抚养子女的原则作出判决；
3、法院在判决抚养时，会根据孩子的年龄、性别等因素进行判决。
两岁以下的孩子原则上由女方抚养，两岁至十岁之间的孩子法院会按照有利于孩子成长的原则判决。十岁以上的孩子可以征求孩子的意见。夫妻双方在处理子女抚养权时，最好通过友好协商达成，避免家庭矛盾再次升级，对子女造成不良影响。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第一千零八十四条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。