新农合大病医疗保险将农村儿童白血病、儿童先天性心脏病、重性精神疾病、乳腺癌、宫颈癌、终末期肾病、耐多药肺结核、艾滋病机会感染、肺癌、食道癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、慢性粒细胞白血病、急性心肌梗塞、脑梗死、血友病、Ⅰ型糖尿病、甲亢、唇腭裂等20类重大疾病纳入保障范围。病患者住院费用实际报销比例不低于70%，最高可达到90%。
需要注意的是，大病医疗保险也有一定的限制，如果属于以下情况之一，大病保险将依旧无法报销：
1、未经批准在非定点医院就诊的(紧急抢救除外)；
2、患职业病、因工负伤或者工伤旧病复发的；
3、因交通事故造成伤害的；
4、因本人违法造成伤害的；
5、因责任事故造成食物中毒的；
6、因自杀导致治疗的；
7、因医疗事故造成伤害的；
8、按国家和本市规定医疗费用应当自理的。
从2002年开始，我国逐步建立了政府组织引导，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度。截止到2012年底，新农合制度已覆盖约8.12亿人，覆盖率达98%以上。2013年，新农合全国人均筹资达到340元，其中各级政府补助增加到人均280元，新农合总筹资额可达到2700亿元。根据卫生部介绍，2013年，新农合患者看病就医的实际报销比例争取比2012年的50%左右提高5个百分点。
此外，卫生部对20种重大疾病制定了临床路径，遴选基本药物，并以省为单位，实施集中采购，确保农民重大疾病用药安全。同时，卫生部要求各地卫生行政部门，选择诊疗条件良好，费用控制能力和组织管理能力较强的新农合定点医疗机构作为参合农民重大疾病的定点救治机构。一般大病原则上尽可能在县级医疗机构诊治;复杂疑难病例，由接诊医院负责转诊到三级医疗机构。