如果协议有明确条款说明签字后生效,已盖公章没有法人代表签字,协议不发生效力。没有签字后生效的条款,已盖公章没有法人代表签字,协议生效。
法院一般从宽认定,除非有证据证明员工盗用单位的公章或擅自使用单位公章,否则判定合同成立。
【法律依据】
《民法典》第五百零四条,法人的法定代表人或者非法人组织的负责人超越权限订立的合同,除相对人知道或者应当知道其超越权限外,该代表行为有效,订立的合同对法人或者非法人组织发生效力。