犯本罪的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金;有下列情形之一的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产：
(一)组织他人偷越国(边)境集团的首要分子;
(二)多次组织他人偷越国(边)境或者组织他人偷越国(边)境人数众多的;
(三)造成被组织人重伤、死亡的;
所谓造成被组织人重伤、死亡的，是指组织他人偷越国(边)境的行为的本身过失而引起了被组织者重伤、死亡结果的发生。如果组织者对所造成的被组织者重伤、死亡结果持故意心理时，则应另定故意杀人罪或故意伤害罪，与组织他人偷越国(边)境罪实行并罚。
(四)剥夺或者限制被组织人人身自由的;
(五)以暴力、威胁方法抗拒检查的;
所谓以暴力、威胁方法抗拒检查的，是指采用身体强制或打击，造成一般的伤害或轻伤害的行为或采用威胁方法抗拒检查。如果行为人故意采用杀、伤方法抗拒检查，致人重伤或死亡的，对杀、伤检查人员的、应依法定罪判刑，然后同组织他人偷越国(边)境实行并罚。
(六)违法所得数额巨大的;
(七)有其他特别严重情节的。
犯组织他人偷越国(边)境罪的违法所得和供犯罪使用的犯罪分子所有的或者明知他人为犯罪使用而提供其本人所有的运输、通讯工具或者其他财物，一律予以没收。
一、数罪并罚刑罚的情形都有哪些？
（1）组织他人偷越国（边）境，运送他人偷越国（边）境，对被组织人、被运送人有杀害、伤害、强奸、拐卖等犯罪行为，或者对检查人员有杀害、伤害等犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚（刑法第318条）。
（2）以暴力、威胁方法抗拒缉私的，以走私罪和妨害公务罪，依照数罪并罚的规定处罚（刑法第157条第2款）。需要说明的是除了走私毒品罪、组织、运送他人偷越国（边）境使用暴力抗拒检查的，属于这些罪的加重情节外，其他所有犯罪，如果又抗拒检查，均应以各该罪与妨碍公务罪实施数罪并罚。如生产、销售伪劣产品又暴力抗拒工商人员的检查，应以生产、销售伪劣产品罪和妨碍公务罪实施数罪并罚。
（3）犯保险诈骗罪，投保人、被保险人故意造成财产损失的保险事故，或者投保人、受益人故意造成被保险人死亡、伤残或者疾病，同时构成其他犯罪的，依照数罪并罚的规定处罚（第198条第2款）。这是典型的牵连犯，但实施数罪并罚，所以正如上文所言，牵连犯的趋势就是数罪并罚。
2（4）纳税人缴纳税款后，采取假报出口或者其他欺骗手段，骗取国家出口退税款的，以偷税罪定罪处罚；骗取税款超过所缴纳的税款部分的，以骗取出口退税罪定罪处罚，数罪并罚（刑法第204条）。这是想像竞合犯数罪并罚的特例。
（5）犯组织、领导、参加恐怖活动组织罪，并实施杀人、爆炸、绑架等犯罪的，数罪并罚（刑法第120条第2款）。这也是牵连犯。