如果缺联作废是违反发票管理办法的行为，会被处罚。
普通发票是指在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的收付款凭证。它是相对于增值税专用发票而言的。所开具和收取的各种收付款凭证均为普通发票。个人发票一般泛指个人开具的发票，多为普通手撕发票。
用票单位要建立健全普通发票管理制度，对普通发票应选择政治业务素质较高的工作人员负责管理，专人保管，并要有防盗、防霉、防湿、防火等设施，同时按规定建立健全领用存双面帐，以明确各自责任。
填开普通发票要如实填写，不得弄虚作假，不得填开发票使用业务范围以外的其他业务项目；发票一式各联必须一次复写，不得涂改，不得拆份填开，票面要字迹清晰，保持整洁；填写内容详细齐全，大小写金额必须相符，填开后要加盖填写经办人印章和填开单位财务业务专用章；不准代其他单位和个人填开发票；不准填开未经税务机关准许的其他单位的发票；不准填开白条子等非法凭证代替发票；不准填开收款收据代替发票使用；不准盗用其他单位发票；付款单位或个人索要发票，不得拒绝填开。
普通发票仅限于用票单位自己使用，不得带到本县以外地方填开。用票单位应按规定填开、取得、印刷、使用、保管发票；不得擅自出售、销毁发票；不得伪造、涂改、转让、撕毁、丢失发票。
【法律依据】
《中华人民共和国刑法》第二百零五条 虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。