玉树藏族自治州位于青海省西南部,青藏高原腹地的三江源头,全州总面积26.7万平方千米。玉树藏族自治州地形复杂,地势南北高、中间低,西高东低;环境严酷,属典型的高寒性气候。
玉树藏族自治州境内河流分为内流河和外流河。内流河主要分布在西北一带,为向心水系,河流较短,流向内陆湖。外流河有长江、黄河和澜沧江三大水系。
玉树藏族自治州境内栖息着各种珍禽异兽,主要有藏野驴、野牛、藏羚羊等。玉树藏族自治州独特的地理位置孕育了较为丰富的植物资源,根据植物资源的不同用途可分为牧草植物、药用植物、食用植物、观赏植物和工艺植物五大类别。
玉树市地形以高原为主,境内平均海拔4493.4米,整个地形西北和中部高,东南和东北低,地形复杂,地势高耸,地貌以高山峡谷和山原地带为主,间有许多小盆地和湖盆最高山峰保俊色海拔5752米,东部正达金沙江水面海拔3350米,平均海拔4493.4米,境内海拔5000米以上的山峰有951座,大部分终年积雪。
地形地势东临川西山地,南接横断山脉北段,西近高原主体,地势高耸,地形复杂,由唐古拉山余脉色吉嘎牙—格拉山构成地形骨干,从东向西横贯县境中部,蜿蜒曲折,形成树枝形山地,是两大流域的分水岭。