事业单位的资金除了来源于财政拨款外，还有来源于上级、单位业务活动的的资金等；事业单位资金的支出使用，有用于开展专业业务活动的，有用于开展经营活动的，有用于对附属单位补助的，有用于上缴上级的等等。它和行政单位最大的区别是对外没有监督和管理的职能。由于社会职能及资金来源、用途的不同，行政单位与事业单位在会计科目的设置与运用等方面具有各自的特点。
事业单位会计是核算、反映和监督各级各类事业单位预算执行情况及结果的专业会计。可分为：
1、农林、水利、气象等部门的事业单位。
2、工业、交通等部门的事业单位。
3、商业部门的事业单位。
4、文化、出版、文物、教育等部门的事业单位。
5、社会保障、卫生等部门的事业单位。
6、科学研究事业单位。
7、其他事业单位。
特征1：不以营利为目的、不具有社会管理职能。
特征2：仅指纳入预算管理的国有事业单位，不包括非国有事业单位、实行企业化管理的事业单位以及事业单位的附属企业。事业单位与行政单位有如下几点不同：
（一）资产类科目
第一，往来款项中，行政单位会计只有一个“暂付款”科目，而事业单位会计则有“应收票据”、“应收账款”、“预付账款”和“其他应收款”四个科目。这是因为行政单位往来业务内容比较单一，而事业单位的往来款项科目同企业会计一样。
第二，行政单位的存货仅有“库存材料”一项，而事业单位有“材料”和“产成品”两个科目。这是因为事业单位可以制造产品，以便对外销售或为本单位所用，行政单位没有此类业务。
第三，有价证券与对外投资科目。为保证行政单位履行机关职责，行政单位不参与对外投资，但可以用经费结余购买国债，而且只能购买国债，不得购买其他有价证券。而事业单位对外投资，不仅包括购买各种有价证券，还包括货币、材料、固定资产或无形资产对外投资。第四，事业单位有“无形资产”科目，行政单位没有。行政单位只进行行政管理，不涉及无形资产问题。
（二）负债类科目
行政单位“暂存款”科目对应事业单位“借入款项”、“应付票据”、“应付账款”、“预收账款”、“其他应付款”、“应交税费”等科目。行政单位在业务活动中与其他单位和个人发生的待结算款项都纳入“暂存款”科目核算，，而且对于暂存款，应及时清理结账，不得长期挂账。
而事业单位“借入款项”是指事业单位向财政部门、上级单位、金融机构借款和向其他单位借入有偿使用的各种款项；事业单位通过市场交易形成的负债用“应付票据”、“应付账款”、“预收账款”科目核算；由于实现应税收入形成的负债用“应交税费”科目核算；其他应付、暂收其他单位或个人的款项用“其他应付款”科目核算，如租入固定资产的租金、存入保证金等。
（三）净资产类科目
净资产是指资产减去负债后的差额。行政单位净资产类科目包括“固定基金”和“结余”两个会计科目。而事业单位净资产除固定资产的净资产形态用“固定基金”表示外，还包括“事业基金”、“专用基金”、“事业结余”、“经营结余”和“结余分配”等五个会计科目。
而且因为事业单位既有经营性资金运动，又有非经营性资金运动，因此，设置经营结余科目来表示单位经营收支相抵后的余额，事业结余科目来表示各项非经营收支相抵后的余额。另外，事业单位要对结余进行分配，而行政单位对结余不能进行分配，只能结转下年继续使用。
（四）收入类科目
行政单位收入类科目包含“拨入经费”、“预算外资金收入”、“其他收入”三个会计科目，而事业单位收入范围非常广泛，包含“财政补助收入”、“上级补助收入”、“拨入专款”、“事业收入”、“经营收入”、“附属单位缴款”、“其他收入”等多个科目。
两者之间具体的区别包括：由财政部门或上级单位拨入的预算经费，行政单位计入“拨入经费”，事业单位则计入“财政补助收入”；为核算上级单位拨入的非财政补助资金，事业单位设置“上级补助收入”科目；财政部门、上级单位或其他单位拨入的有指定用途需单独报账的专项资金，事业单位计入“拨入专款”科目；因事业单位有市场取得的收入，因而分别设有“事业收入”、“经营收入”科目；按规定从财政专户核拨下来的预算外资金以及部分经财政部门核准不上缴预算外资金财政专户的预算外资金，事业单位将其并入“事业收入”核算，而行政单位则单独设置“预算外资金收入”科目来进行核算。
（五）支出类科目
行政单位支出类科目包括“拨出经费”、“经费支出”、“结转自筹基建”三个会计科目，而事业单位设置了“拨出经费”、“拨出专款”、“专款支出”、“事业支出”、“经营支出”、“成本费用”、“结转自筹基建”等多个科目。
其中，行政单位的“拨出经费”对应事业单位“拨出经费”、“拨出专款”两个科目，用来核算单位按核定预算将财政或上级单位拨入经费转播给下属单位的预算资金或专项资金，因为只有在采用实拨资金方式时才会有这类业务，因而在国库集中支付制度下这类科目基本不再使用；行政单位的“经费支出”对应事业单位“专款支出”、“事业支出”、“经营支出”、“上缴上级支出”、“对附属单位补助”等多个科目，来对单位为完成各项业务活动所发生的支出进行核算；此外，事业单位为加强支出管理，对单位进行内部成本核算时，利用“成本费用”科目来核算事业单位内部核算应列入劳务成本的各项费用。