法律分析:不能扣除底薪。底薪是每个城市的最低生活保障。扣除底薪会使工资低于最低生活保障,是不合法的。
法律依据:《关于贯彻执行<中华人民共和国劳动法>若干问题的意见》 第五十六条 在劳动合同中,双方当事人约定的劳动者在未完成劳动定额或承包任务的情况下,用人单位可低于最低工资标准支付劳动者工资的条款不具有法律效力。