案头菊的水肥管理应掌握“前控后促”的原则，即前期营养生长期应适当控制水肥，而生长后期及孕蕾开花前期应增加水肥用量，促使花蕾饱满。案头菊盆栽基质可用园土5份、腐叶土4份、草木灰l份或园土4份、厩肥12份、腐叶土3份、炉灰l份加少量骨粉混合而成。
上盆后浇透水置荫蔽处缓苗。缓苗后移至向阳处，控制浇水，保持盆土偏干些为宜。浇水宜在上午9点到10点进行，日落后盆中的水分被蒸发，这样能有效地控制菊株的高度。黄昏和清晨是菊苗生长的两个高峰，须严禁浇水，个别缺水的菊株，可少量喷灌，以防叶片萎蔫。为使植株粗壮，叶片肥大，生长前期可施1-2次以氮素为主的稀薄液肥或腐熟的饼肥水。
8月底以后菊花开始进入生长旺期，此时要加强水肥管理，浇水要充足，并辅以叶面喷水。每隔7-10天施一次稀薄饼肥水，孕蕾期间喷施0.1%尿素和0.1%磷酸二氢钾溶液2-3次。现蕾后植株高度已基本固定，这时可适当加大水肥用量，并注意增施磷钾肥，少施氮肥，以利于促使花繁叶茂。花蕾透色时应停止施肥。