菌核病是矢车菊的主要病害，雨季发病严重。它通过病株与健壮株间的接触和土壤内菌丝体的生长蔓延传播。病害先从基部发生，感病初期呈永渍状软腐，并密生白色的絮状物，后星褐色，逐渐向茎和叶柄处扩展。后期，茎内外可见黑色的菌核。
防治方法：1、种植时株行距不宜过密，土质要求疏松与排水良好。
2、喷施药剂。发病初期可用25%粉锈宁可湿性粉剂2500倍液喷洒，或800倍液70%甲基托布津可湿性粉剂喷洒。
3、清除病株。感病严重株要及时去除并处理掉，以减少感染原。
4、注意种植地。为了防止菌核病感染，种植地要避免与十字花科植物轮作。