麻痹性斜视早期的时候，患者会感觉眼睛有些痒、看东西很模糊。如果早期发现，治疗的难度降低，患者所受的痛苦会少很多。那此时的治疗，一般都采用一般治疗，如使用抗生素、理疗、针灸等方法。
一、支持疗法：口服或肌注维生素B1，B12及ATP等，以助神经功能恢复。
二、局部可行理疗：如超声波、音频电疗，以防麻痹肌萎缩。也可试行针刺疗法。治疗中一般都应持续遮盖单眼，防止复视的困扰。遮盖必须双眼轮换进行，防止双眼视功能恶化。病因已消除，或确知病变已不再恢复或进行者（一般是在病情稳定6～12个月以上），可行三棱镜矫治或手术矫正。
三、非手术治疗：主要适用于后天性麻痹性斜视，包括药物、针灸以及物理疗法等。如为轻微麻痹，经上述非手术治疗无效，患者又不适于手术治疗，可考虑配戴三棱镜，以矫正复视。为治疗或预防“续发共同性”斜视，对小于10的偏斜，用三棱镜矫正可获得好的效果，但对大于10的偏斜，能否长期戴压贴三棱镜，尚不能肯定。
对早期的、较重的眼外肌麻痹患者，采取代偿头位仍不能消除复视，并有严重的眩晕、恶心甚至呕吐影响正常生活者，可遮盖一眼。以往多主张遮盖麻痹眼（非麻痹眼视力低下者除外），目前则多主张遮盖健眼，这样起到两方面的作用：一是可以锻炼麻痹肌的功能，便于麻痹肌运动功能的恢复。二是可以延缓或避免直接对抗肌发生痉挛或挛缩。关于防止痉挛，有些学者建议：①在直接对抗肌注射麻痹剂或15%酒精，或肉毒杆菌毒素A。②在外直肌麻痹时，在健眼前加用底向外的三棱镜，使痉挛的内直肌松弛。③在肌肉挛缩发生之前施行手术矫正。