权益法核算下企业取得的长期股权投资，初始投资成本小于取得投资时应享有的被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，应对长期股权投资账面价值进行调整，计人取得投资当期的损益。而企业所得税法规定企业对外进行权益性投资，通过支付现金取得的投资资产，以购买价为成本；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该项资产的公允价值和支付的相关税费为成本；初始投资成本小于被投资单位净资产公允价值的部分不计入计税所得额，计算所得税时应作纳税调整调减项目处理。
一、权益法下长期股权投资持有期间投资损益的调整
企业取得长期股权投资后，采用权益法核算的，应按照应享有或应分担被投资单位实现的净利润或发生的净亏损份额，调整长期股权投资的账面价值，并确认为当期损益。而在计算所得税时，这部分投资收益并不计入应税所得额；被投资单位发生的损失，按税法规定由被投资单位进行弥补，投资单位不得将权益法下确认的投资损失在所得税前扣除，因此需要做纳税调整处理。来源：会计师事务所
二、权益法下投资企业从被投资单位分得现金股利或利润的调整
按照权益法核算的长期股权投资，投资企业从被投资单位取得的现金股利或利润，在会计核算上应区别不同情况进行处理：投资企业从被投资单位分得的现金股利或利润未超过已确认投资收益的，在会计核算上作借记应收股利，贷记长期股权投资——损益调整处理，不计入当期损益；投资企业从被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认投资收益部分，但未超过投资以后被投资单位实现的账面净利润中应享有的份额，应作为投资收益处理；自被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认的投资收益，同时也超过了投资后被投资单位实现的账面净利润中按持股比例应享有的那部分，作为投资成本收回，冲减长期股权投资——损益调整、投资成本等。无论哪种情况，在计算企业所得税时，都应将在会计核算上不作投资收益处理的应收股利或利润作纳税调整增加额处理。
三、企业转让长期股权投资取得投资损益的纳税调整
企业转让长期股权投资取得的收益或损失，应计入当期损益处理。由于税法与会计准则对投资成本认定的标准不同，因此在转让长期股权投资时，按照税法规定确认的股权投资转让收益或损失与按照会计准则确认的转让股权收益或损失存在一定差异，这种差异实质上就是长期股权投资的账面价值与计税基础之间的差异，企业在申报所得税时应对股权投资转让损益进行纳税调整。