总公司和分公司的合同并非都是由总公司来签署的。分公司可以自己的名义对外签订合同，只要符合法律程序。分公司具有合法经营权，可以在营业执照登记的经营范围内从事商事活动。分公司对外签订合同只需加盖分公司的印章即可。与此不同，子公司作为独立的法人，具有自主经营和独立核算的能力。子公司有独立的名称、意志关系、财产关系和财产责任。分公司的债权由总公司承担，但签署合同需要根据具体情况和总公司的同意。
法律分析
一、总公司和分公司的合同都是由总公司来签署吗?
总公司和分公司的合同并非都是由总公司来签署的，总公司和分公司之间可以签订合同，只要符合法律程序就行。分公司可以自己的名义对外签订合同。分公司一旦经过工商登记机关登记领取了营业执照，同时也是对外公示了其作为总公司的分支机构具有的合法经营权。而合法经营权的具体体现形式就是分公司对外可以以自己名义在营业执照登记的经营范围内从事相关的商事活动。分公司以其自己名义对外签订合同时，基于其合法经营权已经得到法律的认可，分公司对外签订合同只需加盖分公司的印章即可。公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。分公司虽然没有独立的财产和法人资格，但只要分公司经过工商部门的登记后，领取了营业执照，分公司可以作为《民事诉讼法》上的其他组织成为民事诉讼当事人。
二、分公司和子公司的区别有哪些?
1、称谓不同
分公司不具有独立的名称，必须冠以某某分公司以提醒当事人。而子公司有自己独立的名称。
2、意志关系不同
子公司作为独立的法人，在法律上其意志是独立的，母公司对子公司的经营管理活动不能进行直接的命令指挥。而分公司作为本公司的分支机构，其业务的执行、资金的调动完全受制于本公司，与本公司之间是一种管理与被管理的关系。
3、财产关系不同
在财产关系结构上，子公司尽管有母公司的参与，但仍有属于自己的财产。而分公司的财产则全属于本公司，是本公司财产不可分割的组成部分。因此，分公司不存在独立的法律财产，而子公司的财产则具有完全的独立性。
4、财产责任不同
子公司作为独立的法律主体，自主经营、独立核算，其一切后果包括财产责任均完全由自己承受。而分公司作为非独立主体，既没有自己独立的财产，也没有自己独立的意志，因此其经营后果应当归属本公司，由此而产生的财产责任亦由本公司承担。
虽然分公司的债权是由总公司来承担的，但是在正常情况下，分公司是可以根据管理者的意愿，与其他的用人单签亲属合同的。根据实际情况也可以知道，并非是所有类型的合同分公司都是有权利签署的。只有特定类型的合同，才需要经过总公司的同意之后再签署。
结语
总公司和分公司的合同并非都是由总公司来签署的。分公司可以自己的名义对外签订合同，只要符合法律程序。分公司在经过工商登记机关登记领取营业执照后，具有合法经营权，可以以自己的名义从事相关商事活动并签订合同。分公司对外签订合同时，只需加盖分公司的印章即可。分公司作为总公司的分支机构，在民事诉讼中也可以作为当事人。虽然分公司的财产责任由总公司承担，但在特定情况下，分公司可以根据管理者的意愿与其他人签订合同。特定类型的合同可能需要经过总公司同意后才能签署。
法律依据
中华人民共和国中小企业促进法（2017修订）：第八章 权益保护 第五十三条 国家机关、事业单位和大型企业不得违约拖欠中小企业的货物、工程、服务款项。
中小企业有权要求拖欠方支付拖欠款并要求对拖欠造成的损失进行赔偿。
中华人民共和国乡镇企业法： 第二十四条 国家采取优惠措施，鼓励乡镇企业同科研机构、高等院校、国有企业及其他企业、组织之间开展各种形式的经济技术合作。
中华人民共和国全民所有制工业企业法（2009修正）：第三章 企业的权利和义务 第二十三条 企业有权要求调整没有必需的计划供应物资或者产品销售安排的指令性计划。
企业有权接受或者拒绝任何部门和单位在指令性计划外安排的生产任务。（2009年8月27日删除）