申请法院整体回避需更换法院管辖。根据刑事诉讼法，上级法院可指定下级法院审理管辖不明案件，或移送其他法院审理。刑事案件回避情形包括审判和执行人员的利害关系，以及书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等的亲属关系或利害关系。回避申请是当事人的权利，以确保案件公正处理。
法律分析
一、当事人申请法院整体回避如何处理
1、当事人申请法院整体回避的，则应当就该案件更换法院进行管辖。根据《刑事诉讼法》的相关规定，上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
2、法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》
第二十六条几个同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院审判。在必要的时候，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
第二十七条上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
第二十八条专门人民法院案件的管辖另行规定。
二、刑事案件回避的情形有哪些
申请回避是诉讼当事人的诉讼权利，当事人对于审判人员、检察人员、侦查人员、书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等有权提出回避申请。
1、审判和执行人员的回避理由：
当事人及其法定代理人在诉讼中，发现审判人员（执行人员）具有下列情形之一的，有权要求他们回避：
（1）是本案的当事人或者与当事人有直系血亲、三代以内旁系血亲及姻亲关系的；
（2）本人或者其近亲属与本案有利害关系的；
（3）担任过本案的证人、鉴定人、勘验人、辩护人、诉讼代理人的；
（4）与本案的诉讼代理人、辩护人有夫妻、父母、子女或者同胞兄弟姐妹关系的；
（5）本人与本案当事人之间存在其他利害关系，可能影响案件公正处理的。
2、书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人的回避理由：
当事人有权在下列情况下，对书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等用口头或者书面方式申请他们回避：
（1）是本案当事人或者当事人、诉讼代理人的近亲属；
（2）与本案有利害关系；
（3）与本案当事人有其他关系，可能影响对案件公正审理的。
结语
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，当事人申请法院整体回避时，应该将案件移送其他人民法院审判。同时，对于刑事案件回避的情形，当事人有权提出回避申请，包括对审判和执行人员以及书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等的回避理由。回避申请的目的是确保案件公正处理，避免利害关系的影响。
法律依据
中华人民共和国民事诉讼法（2021修正）：第二编 审判程序 第十二章 第一审普通程序 第三节 开庭审理 第一百四十条 开庭审理前，书记员应当查明当事人和其他诉讼参与人是否到庭，宣布法庭纪律。
开庭审理时，由审判长或者独任审判员核对当事人，宣布案由，宣布审判人员、书记员名单，告知当事人有关的诉讼权利义务，询问当事人是否提出回避申请。
中华人民共和国刑事诉讼法（2018修正）：第三章 第二审程序 第二百三十八条 第二审人民法院发现第一审人民法院的审理有下列违反法律规定的诉讼程序的情形之一的，应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判：
（一）违反本法有关公开审判的规定的；
（二）违反回避制度的；
（三）剥夺或者限制了当事人的法定诉讼权利，可能影响公正审判的；
（四）审判组织的组成不合法的；
（五）其他违反法律规定的诉讼程序，可能影响公正审判的。
中华人民共和国刑事诉讼法（2018修正）：第五章 审判监督程序 第二百五十四条 各级人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现在认定事实上或者在适用法律上确有错误，必须提交审判委员会处理。
最高人民法院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民法院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权提审或者指令下级人民法院再审。
最高人民检察院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民检察院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权按照审判监督程序向同级人民法院提出抗诉。
人民检察院抗诉的案件，接受抗诉的人民法院应当组成合议庭重新审理，对于原判决事实不清楚或者证据不足的，可以指令下级人民法院再审。