一、应纳所得税换算方式
1、采用核定方式征收项目是否单独核算，均由税务机关根据其主营项目确定适用的应税所得率的规定，此时股权转让收入也适用主营项目的应税所得率是合法的。
2、按成本费用核定应纳税所得额和按经费支出换算应纳税所得额的
（1）转让收入的金额达到国税发[2008]30号第九条规定的，企业应及时向税务机关申报，此时应由税务机关按照合理方法来核定。
（2）转让收入的金额未达到国税发[2008]30号第九条规定的，股权转让收益属于企业所得税征管的空缺之处。因为按《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（B类）》的填报方式，应纳税所得额是由成本费用总额或经费支出总额推算出来的，当然无法涵盖股权转让收益。对实行核定应税所得率方式的，仅是要求预缴税款或年终进行汇算清缴时，应按规定填写《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（B类）》，在规定的纳税申报时限内报送主管税务机关。（国税发[2008]30号第十三条）。此时对股权转让收益不征税固然不合理，但如果对股权转让收益单独另外征税，却又没有明确的法律依据。
二、实行核定应纳所得税额方式征收企业所得税
这种情形下反而比较简单，根据国税发[2008]30号第十四条纳税人年度终了后，在规定的时限内按照实际经营额或实际应纳税额向税务机关申报纳税。申报额超过核定经营额或应纳税额的，按申报额缴纳税款；申报额低于核定经营额或应纳税额的，按核定经营额或应纳税额缴纳税款的规定，股权转让收益仍属于正常的征收范围。
其实，对于核定方式征收企业所得税，除股权转让收入之外的其他财产转让收入等，都是与此类似的。