根据《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)的规定，股权收购区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。
1、适用一般性税务处理规定：企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：
(1)被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
(2)收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
(3)被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
2、适用特殊性税务处理规定：股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：
(1)被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
(2)收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
(3)收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
问：居民企业间发生股权转让，转让收入何时确认?在何时缴纳企业所得税?是在转让行为完成时还是在会计年度末?
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79号)第三条规定：企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。
《企业所得税法》第五十四条规定：企业所得税分月或者分季预缴。企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
因此，企业应于转让协议生效且完成股权变更手续时，确认收入的实现。应当在当月(季)申报预缴企业所得税，年终汇算清缴。