根据《办法》第十四条有关规定，主管税务机关在对股权转让收入进行核定时，必须按照净资产核定法、类比法、其他合理方法的先后顺序进行选择。被投资企业账证健全或能够对资产进行评估核算的，应当采用净资产核定法进行核定。被投资企业净资产难以核实的，如其股东存在其他符合公平交易原则的股权转让或类似情况的股权转让，主管税务机关可以采用类比法核定股权转让收入。以上方法都无法适用的，可采用其他合理方法。
净资产主要依据被投资企业会计报表计算确定。对于土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占比超过20%的企业，其以上资产需要按照评估后的市场价格确定。评估有关资产时，由纳税人选择有资质的中介机构，同时，为了减少纳税人资产评估方面的支出，对6个月内多次发生股权转让的情况，给予了简化处理，对净资产未发生重大变动的，可参照上一次的评估情况。
一、核定应纳税所得额
自然人转让所投资企业股权(份)(以下简称股权转让)取得所得，按照公平交易价格计算并确定应纳税所得额。应纳税所得额明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可采用本公告列举的方法核定。
二、法人与股东一起变更麻烦吗
不麻烦，流程如下：
（一）领取《公司变更登记申请表》（工商局办证大厅窗口领取）。
（二）变更营业执照（填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理）。
（三）变更组织机构代码证（填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理）。
（四）变更税务登记证（拿着税务变更通知单到税务局办理）。
（五）变更银行信息（拿着银行变更通知单基本户开户银行办理）。
《国家税务总局关于发布的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第十条至第十一条规定，股权转让收入应当按照公平交易原则确定，纳税人申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核定股权转让收入。同时该公告第十二条第一款规定，纳税人申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的，则视为股权转让收入明显偏低。