新旧法冲突适用规则应体现为新法优于旧法和法律不溯及既往原则，当新的行政法律规范与旧的行政法律规范相冲突时，除旧法具有溯及力外，人民法院应当适用新法，即对新法生效后发生的事件适用新法，对新法生效前发生的事件适用旧法。但当新法明确规定有溯及力时除外。
对于行政相对人和被诉具体行政行为作出时间不同时如何处理问题，最高人民法院《关于印发(关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要)的通知》指出，行政相对人的行为发生在新法施行以前，具体行政行为作出在新法施行以后，人民法院审查具体行政行为的合法性时，实体问题适用旧法规定，程序问题适用新法规定，但下列情形除外：(1)法律、法规或规章另有规定的;(2)适用新法对保护行政相对人的合法权益更为有利的;(3)按照具体行政行为的性质应当适用新法的实体规定的。
人民法院解决相应法律适用冲突的规则
行政诉讼法律冲突选择适用规则，是在行政诉讼中存在同一法律事项的相互冲突时，指导人民法院解决法律适用冲突，选择应当适用的法律规范，以此审查具体行政行为合法性的.具体原则和方法。在行政诉讼中，人民法院解决相应法律适用冲突的规则包括：
1.层级冲突适用规则。不同层级法律规范产生冲突一般属违法冲突，按照法律优先原则，高层级法律规范(上位法)优于低层级法律规范(下位法)，但高层级法律规范授权低层级法律规范作出与高层级法律规范不同的规定除外。根据这一规则，当一个案件中，低层级的法律规范与某一高层级的法律规范冲突时，人民法院一般应依高层级的法律规范来解决该案中的实体争议。
最高人民法院《关于印发(关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要)的通知》对下位法不符合上位法的判断和适用作出了说明，内容如下：
下位法不符合上位法的常见情形有：下位法缩小上位法规定的权利主体范围，或者违反上位法立法目的扩大上位法规定的权利主体范围;下位法限制或者剥夺上位法规定的权利，或者违反上位法立法目的扩大上位法规定的权利范围;下位法扩大行政主体或其职权范围;下位法延长上位法规定的履行法定职责期限;下位法以参照、准用等方式扩大或者限缩上位法规定的义务或者义务主体的范围、性质或者条件;下位法增设或者限缩违反上位法规定的适用条件;下位法扩大或者限缩上位法规定的给予行政处罚的行为、种类和幅度的范围;下位法改变上位法已规定的违法行为的性质;下位法超出上位法规定的强制措施的适用范围、种类和方式，以及增设或者限缩其适用条件;法规、规章或者其他规范文件设定不符合行政许可法规定的行政许可，或者增设违反上位法的行政许可条件;其他相抵触的情形。
如果具体行政行为是依据下位法作出的，并未援引和适用上位法。在此情况下，为维护法制统一，法院审查具体行政行为的合法性时，应当对下位法是否符合上位法一并进行判断。经判断下位法与上位法相抵触的，应当依据上位法认定被诉具体行政行为的合法性。
法律、行政法规或者地方性法规修改后，其实施性规定未被明文废止的，人民法院在适用时应当区分下列情形：实施性规定与修改后的法律、行政法规或者地方性法规相抵触的，不予适用;因法律、行政法规或者地方性法规的修改，相应的实施性规定丧失依据而不能单独施行的，不予适用;实施性规定与修改后的法律、行政法规或者地方性法规不相抵触的，可以适用。
2.平级冲突适用规则。它是解决制定机关不同但效力层级相同的行政法律规范相冲突应适用何种规范的规则。最高人民法院关于印发《关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》的通知，根据立法法等规定，明确了部门规章与地方规章、部门规章之间的冲突适用规则：
部门规章与地方政府规章之间对相同事项的规定不一致的，人民法院一般可以按照下列情形适用：(1)法律或者行政法规授权部门规章作出实施性规定的，其规定优先适用;(2)尚未制定法律、行政法规的，部门规章对于国务院决定、命令授权的事项，或者对属于中央宏观调控的事项、需要全国统一的市场活动规则及对外贸易和外商投资等事项作出的规定，应当优先适用;(3)地方政府规章根据法律或者行政法规的授权，根据本行政区域的实际情况作出的具体规定，应当优先适用;(4)地方政府规章对属于本行政区域的具体行政管理事项作出的规定，应当优先适用;(5)能够直接适用的其他情形。不能确定知何适用的，应当中止行政案件的审理，逐级上报最高人民法院送请国务院裁决。
国务院部门之间制定的规章对同一事项的规定不一致的，人民法院一般可以按照下列情形选择适用：(1)适用与上位法不相抵触的部门规章规定;(2)与上位法均不抵触的，优先适用根据专属职权制定的规章规定;(3)两个以上的国务院部门就涉及其职权范围的事项联合制定的规章规定，优先于其中一个部门单独作出的规定;(4)能够选择适用的其他情形。不能确定如何适用的，应当中止行政案件的审理，逐级上报最高人民法院送请国务院裁决。
国务院部门或者省、市、自治区人民政府制定的其他规范性文件对相同事项的规定不一致的，参照上述精神处理。
3.地方性法规与部门规章冲突的选择适用。地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致的，人民法院一般可以按照下列情形适用：(1)法律或者行政法规授权部门规章作出实施性规定的，其规定优先适用;(2)尚未制定法律、行政法规的，部门规章对于国务院决定、命令授权的事项，或者对于中央宏观调控的事项、需要全国统一的市场活动规则及对外贸易和外商投资等需要全国统一规定的事项作出的规定，应当优先适用;(3)地方性法规根据法律或者行政法规的授权，根据本行政区域的实际情况作出的具体规定，应当优先适用,(4)地方性法规对属于地方性事务的事项作出的规定，应当优先适用;(5)尚未制定法律、行政法规的，地方性法规根据本行政区域的具体情况，对需要全国统一规定以外的事项作出的规定，应当优先适用;(6)能够直接适用的其他情形。不能确定如何适用的，应当中止行政案件的审理，逐级上报最高人民法院按照立法法第86条第1款第2项的规定送请有权机关处理。