1、办理施工许可证是甲方负责办理的，其中有一条就是民工工资保证金的凭证的事。所以是甲方办理。
2、然后甲方再把这笔钱从施工总包单位身上扣下来。就变成是施工单位自己交的了啊。一般合同中会约定的。
农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的3%向银行专户存储的工资专项资金。保证金根据省、市、县各级项目审批权限实行层级监管，并实行专户存储、专项支取，任何单位和个人不得挪用。
有下列四种情形之一时，经劳动保障部门查证属实后可以支取保证金：建设企业未依法及时结算农民工工资，拖欠农民工工资的；建设单位或建设企业非法转包、分包建设工程，导致用工主体不具有法人资格而发生拖欠农民工工资行为的；建设单位或建设企业法人代表或工程负责人隐匿逃跑或死亡，造成拖欠农民工工资的；其他被认为拖欠农民工工资的。工程交工后，建设单位在施工现场农民工集散场所公示本建设项目的竣工日期、工资结算结果等情况，公示时间不得少于15个工作日。凡无拖欠的，由银行将保证金本金及活期利息一次性退还缴费单位。
启用保证金支付农民工工资后，劳动部门将责令责任单位在30日内等额补缴已启动支付的保证金。逾期未补缴的，建设工程项目部门对在建工程予以停工，已竣工项目不予验收。同时，建设工程项目审批部门和劳动保障部门将责任单位记入信用档案，通报批评并向社会曝光;情节严重的，依法予以处罚。
法律规定：
《保障农民工工资支付条例》第三十二条第一款规定：“施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。”
一、建设工程质量保证金管理
第一条为规范建设工程质量保证金(保修金)管理，落实工程在缺陷责任期内的维修责任，根据《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》、《建设工程价款结算暂行办法》和《基本建设财务管理规定》等相关规定，制定本办法。
第二条本办法所称建设工程质量保证金(保修金)(以下简称保证金)是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。
缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。
缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发、承包双方在合同中约定。
第三条发包人应当在招标文件中明确保证金预留、返还等内容，并与承包人在合同条款中对涉及保证金的下列事项进行约定：
(一)保证金预留、返还方式；
(二)保证金预留比例、期限；
(三)保证金是否计付利息，如计付利息，利息的计算方式；
(四)缺陷责任期的期限及计算方式；
(五)保证金预留、返还及工程维修质量、费用等争议的处理程序；
(六)缺陷责任期内出现缺陷的索赔方式。
第四条缺陷责任期内，实行国库集中支付的政府投资项目，保证金的管理应按国库集中支付的有关规定执行。其他政府投资项目，保证金可以预留在财政部门或发包方。缺陷责任期内，如发包方被撤销，保证金随交付使用资产一并移交使用单位管理，由使用单位代行发包人职责。
社会投资项目采用预留保证金方式的，发、承包双方可以约定将保证金交由金融机构托管；采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金，并按照有关规定执行。
第五条缺陷责任期从工程通过竣(交)工验收之日起计。由于承包人原因导致工程无法按规定期限进行竣(交)工验收的，缺陷责任期从实际通过竣(交)工验收之日起计。由于发包人原因导致工程无法按规定期限进行竣(交)工验收的，在承包人提交竣(交)工验收报告90天后，工程自动进入缺陷责任期。
第六条
建设工程竣工结算后，发包人应按照合同约定及时向承包人支付工程结算价款并预留保证金。
第七条全部或者部分使用政府投资的建设项目，按工程价款结算总额5%左右的比例预留保证金。
社会投资项目采用预留保证金方式的，预留保证金的比例可参照执行。
第八条缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定扣除保证金，并由承包人承担违约责任。承包人维修并承担相应费用后，不免除对工程的一般损失赔偿责任。
由他人原因造成的缺陷，发包人负责组织维修，承包人不承担费用，且发包人不得从保证金中扣除费用。
第九条缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
第十条发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14日内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当在核实后14日内将保证金返还给承包人，逾期支付的，从逾期之日起，按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14日内不予答复，经催告后14日内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。
第十一条发包人和承包人对保证金预留、返还以及工程维修质量、费用有争议，按承包合同约定的争议和纠纷解决程序处理。
第十二条建设工程实行工程总承包的，总承包单位与分包单位有关保证金的权利与义务的约定，参照本办法中发包人与承包人相应的权利与义务的约定执行。
第十三条本办法由建设部、财政部负责解释。
第十四条本办法自公布之日起施行。