不合法，不应扣年终奖。如果用人单位与劳动者签订的合同中约定了年终奖的发放时间、发放金额等，劳动者休产假期间，用人单位扣除劳动者的年终奖是属于一种违法行为，是没有法律依据的。
《女职工劳动保护特别规定》第八条
第八条：女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。
女职工生育或者流产的医疗费用，按照生育保险规定的项目和标准，对已经参加生育保险的，由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，由用人单位支付。