苦瓜中的草酸会障碍人体吸收钙。正常人吃苦瓜，先将苦瓜用沸水焯一下，去除部分苦味和草酸，更有利于身体吸收食物中的钙质。但对于缺钙的人，则应该避免食用或少食苦瓜。
苦瓜寒凉，如果您平日时常有大便溏稀、小便清长、面色恍白，怕冷等，身体有可能阳气不足，最好不吃或少吃苦瓜。
尽管婴幼儿为纯阳之体，但年幼孩童脾常有不足，胃常有余，不宜较多食用苦瓜。
苦瓜可以降血糖、清火，但对心脏健康不利，所以低血糖、低血压的人不适合吃苦瓜，血糖血压正常的人不宜吃过量的苦瓜。