《藤野先生》回忆鲁迅在仙台留学时期的生活，记叙了鲁迅与藤野先生的相识、相处，离别的过程和对他的怀念。鲁迅初到东京时，看到的是清国留学生在饱含中国人的耻辱的上野公园的樱花树下的身影，听到的是留学生们傍晚学跳舞的喧闹。这让鲁迅甚为厌恶，也正是这样，他去了仙台，在那与藤野先生相识。藤野先生的衣着模糊，他为鲁迅添改讲义，他就正解剖图，他关心解剖实习，他了解中国女人裹脚。在这一个个片断中，我看到了那个对学生要求严格的藤野先生，那个对鲁迅关爱有加，毫无民族偏见的藤野先生，那个对科学严谨求实的藤野先生。这样一位有着高贵人格的老师，也难怪鲁迅说：“在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个。”
《藤野先生》也同样记录了鲁迅的心路历程，学医救国到弃医从文的转变，表达了鲁迅深深的爱国主义情感。在鲁迅留学日本之时，是“风雨如磐暗故园”之时，也是鲁迅个人处于“路漫漫其修远兮，吾将上下而求索”的时期。他曾说：“我的梦很美满，预备卒业回来，救治像我父亲似的被误的病人的疾苦”，战争时候便去当军医，一面又促进了国人对于维新的信仰。“但从匿名信事件、看电影事件，中国人的麻木不仁中，鲁迅才深刻地认识到，学医可以拯救人的身体，却不能拯救人的灵魂。鲁迅说：“从那一回以后，我便觉得学医并非一件紧要事，凡是愚弱的国民，即使体格如何强健，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客。”“我们的第一要着，是在改变他们的精神，而善于改变精神的是，我那时以为当然要推文艺，于是提倡文艺运动了。”
《藤野先生》中的藤野一直鼓舞着鲁迅从事反帝反封建的斗争，"每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光下瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加了勇气了，于是点上一枝烟，再继续写些为'正人君子'之流所深恶痛疾的文字。"藤野先生影响了鲁迅的一生，一个重要原因就是藤野对鲁迅倾注了无私的爱。他平等公正、一丝不苟的为一个清国留学生改作业，连一根画错位置的血管也要当面替学生改过来;他关心学生的个体差异，听说中国人敬鬼，担心鲁迅不肯上解剖课;他尊重学生，尽管替鲁迅弃医从文感到惋惜，但理解鲁迅这位弱国子民的强国梦，临别还赠与题写了"惜别"二字的相片。这些对一个受尽了歧视和污辱的清国留学生是多么大的鞭策和鼓舞啊。
藤野先生严谨的教学作风，对鲁迅真诚的关怀，还有，对于中国，对于“人”的热爱。作品的字里行间，无不洋溢着鲁迅对这位恩师的赞扬与牵挂。藤野先生对鲁迅的耐心辅导，是希望将日本精湛的医学技术传入中国，为中国的人们治疗身体上的疾病(事实上，鲁迅先生留日学医的目的，也是如此)，在此，藤野先生将医术还原到了它本来面目——为着所有人的健康而学医，而不是以自己个人的利益为目标，着实可敬!
在文章的末尾，鲁迅先生写他至今，仍然被藤野先生的影子鞭策着不断地“写为‘正人君子’所厌恶的文字”，又一次表达了作者对藤野先生的怀念和敬佩。热爱学生、理解学生，使藤野具有了强大的人格魅力，以至于影响学生的一生。
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