根据我国相关法律规定，起诉离婚时，两个孩子的抚养权不会一边一个分别判给父母两方。首先看两个孩子年龄，未满两周岁的子女一般抚养权判给母亲，已满两周岁的子女，法院会根据父母双方的具体情况作出最有利于未成年子女的抚养权判决，如果孩子已满八周岁，法院还应该尊重其真实意愿作出判决。
一、法院判决孩子抚养权的原则有哪些
父母离婚时，人民法院按照下列标准对子女抚养权作出判决：1、未满两周岁的子女，一般由母亲抚养；2、已满两周岁的子女，父母对抚养权问题无法协商一致的，由人民法院根据父母双方的具体情况作出最有利于未成年子女的判决；3、已满八周岁的子女，应尊重其真实意愿。
二、非婚生子女的抚养权应当给哪一方
非婚生子女不满两周岁的，抚养权给母亲。但是如果母亲患有不适宜抚养孩子疾病，而孩子的生父又愿意抚养的，可以将抚养权判给生父。已满两周岁的子女，父母对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
三、为什么越来越多的男孩不愿意判给女方呢？
法律没有规定男孩不判给女方。判决孩子的抚养权一般从有利于子女的原则，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等判决子女归谁抚养。根据我国法律规定，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
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