当医疗纠纷发生后，医患双方在协商解决不成的情况下，若双方能自愿达成协议将争议提交医疗纠纷仲裁委员会处理，则仲裁可按照下列程序进行：1、当事人申请。2、案件审理。3、仲裁的执行。
法律依据：
《医疗事故处理条例》 第三十八条 发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。
有下列情形之一的，县级人民政府卫生行政部门应当自接到医疗机构的报告或者当事人提出医疗事故争议处理申请之日起7日内移送上一级人民政府卫生行政部门处理：
(一)患者死亡;
(二)可能为二级以上的医疗事故;
(三)国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定的其他情形。
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