根据《民法典》规定，借款的利息不得预先在本金中扣除，所以借款合同约定保证金的，保证金不能在借款中扣除。《中华人民共和国民法典》第六百七十条
借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。
一、投标保证金不退还怎么处理
在投标人具有过错的情形下，且符合招标文件不退保证金的条件，招标人可以不退投标保证金。如果仅是投标人未能中标，招标单位不退投标保证金是没有道理的，可以到当地的行政主管部门（建委或发改委）进行投诉。《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十六条规定，投标保证金有效期应当与投标有效期一致。如果实在是找不到监管机构投诉的情况下，可以直接向法院起诉。《通信项目招标投标管理实施细则》第五十六条规定：招标人可以要求投标人缴纳投标保证金，金额一般不应超过合同估算价的百分之一。对于未中标的投标人交纳的投标保证金，招标人应在与中标人签订合同后5日内退还。
二、投标保证金一般为多少
根据《工程建设项目施工招标投标办法》第三十七条招标人可以在招标文件中要求投标人提交投标保证金。投标保证金除现金外，可以是银行出具的银行保函、保兑支票、银行汇票或现金支票。投标保证金一般不得超过投标总价的百分之二，但最高不得超过八十万元人民币。投标保证金有效期应当超出投标有效期三十天。投标人应当按照招标文件要求的方式和金额，将投标保证金随投标文件提交给招标人。投标人不按招标文件要求提交投标保证金的，该投标文件将被拒绝，作废标处理。
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