灵活就业人员社保应当按照以下方式进行停保：
1、线上办理，登录当地社保机构的网址，然后选择灵活就业人员停保登记业务，再根据系统的提示进行相应的停保登记；
2、线下办理，直接去当地的社保机构办理停保登记手续，提供本人的身份证后，就可以办理。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。第五条县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。国家通过税收优惠政策支持社会保险事业。
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