员工被隔离期间用人单位应当支付其隔离期间的工资。
法律依据：《传染病防治法》第四十一第二款规定，在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障；被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。
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