水库清淤需要办理的手续是：提交营业执照复印件、企业法人身份证复印件、固定的办公场所证件等，向县级以上地方人民政府水行政主管部门写清淤申请书，根据场所具体情况安排勘察专员，资料申请通过下发资质。
《水法》第十九条
建设水工程，必须符合流域综合规划。在国家确定的重要江河，湖泊和跨省，自治区，直辖市的江河，湖泊上建设水工程，未取得有关流域管理机构签署的符合流域综合规划要求的规划同意书的，建设单位不得开工建设；在其他江河、湖泊上建设水工程，未取得县级以上地方人民政府水行政主管部门按照管理权限签署的符合流域综合规划要求的规划同意书的，建设单位不得开工建设。水工程建设涉及防洪的，依照防洪法的有关规定执行；涉及其他地区和行业的，建设单位应当事先征求有关地区和部门的意见。
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