公司收取保证金是不合法的。根据相关法律规定，若是有此种行为的，会被责任退还给本人，还会罚款的行政处罚。根据相关法律规定，给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
一、劳动合同不得约定什么事项
除了法律规定的必备条款外，双方还可协商约定其他条款，但以下条款是法律不允许在劳动合同中约定的：
1、定金、保证金(物)或抵押金(物)条款。禁止用人单位以任何形式向劳动者收取定金、保证金(物)或抵押金(物)。对违反的由公安部门和劳动行政部门责令用人单位立即退还给劳动者本人。
2、禁止约定劳动者在未完成劳动定额或承包任务的情况下，用人单位可低于最低工资标准支付劳动者工资。
3、除法定情形外，劳动合同中不得约定由劳动者支付违约金。
二、公司变相罚款怎么举报
公司企业是不具有罚款的权利的。如果公司的规章制度中存在相关罚款的事项是属于规章制度违法；
用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告;给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
三、公司强制周末加班合法吗
公司强制员工周末加班是不合法的，对于此种情况可以前往当地劳动部门反映情况。按照相关法律规定公司不得强迫员工加班，劳动者每日工作时间不得超过8小时，加班必须要有加班费或者是补休。同时规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第三条
民事主体的人身权利、财产权利以及其他合法权益受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。《劳动合同法》第四条
民事主体在民事活动中的法律地位一律平等。
第九条
用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
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