员工三个月没有转正可以申请劳动仲裁。
申请劳动仲裁的方法如下：
1、当事人向仲裁委员会申请仲裁必须提交书面申请；
2、仲裁委员会应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定；
3、仲裁委员会决定受理的，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人，决定不予受理的，应当说明理由；
4、仲裁庭应当于开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照自动撤诉自理，对被申请人可以做缺席裁决；
5、仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议；
6、调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力，调解未达成协议的，仲裁庭应当及时裁决。
劳动仲裁不予受理的条件如下：
1、申请人不具有主体资格，劳动争议仲裁委员会以申请仲裁的主体不适格为由，作出不予受理的书面裁决；
2、申请人与申请仲裁的争议无直接利害关系，申请人不是劳动人事争议仲裁的当事人；
3、争议内容不属于劳动人事争议仲裁委员会的受案范围；
4、争议不属于本仲裁委员会的管辖；
5、仲裁申请已超过法律规定的申请仲裁的时效；
6、申请书及有关材料不符合要求。
综上所述，当事人发生劳动争议的可以向有关部门申请劳动仲裁，提交相应的证据材料，有关部门对双方进行调解，调解不成的进行裁决。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
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