发生医疗事故的，应该由卫生行政部门处理。发生医疗事故争议的,当事人可以申请卫生行政部门调解，难以确定是否属于医疗事故的，可以申请医疗事故鉴定机构鉴定。若当事人无法协商一致的，患者也可以直接到人民法院起诉。
法律依据：《医疗事故处理条例》 第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
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