1、自然人股东转让股权缴税，具体理由如下：
《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》：
(1)第四条个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税；
合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费；
(2)第五条个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人；
(3)第六条扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关；
被投资企业应当详细记录股东持有本企业股权的相关成本，如实向税务机关提供与股权转让有关的信息，协助税务机关依法执行公务；
2、法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第一条为加强股权转让所得个人所得税征收管理，规范税务机关、纳税人和扣缴义务人征纳行为，维护纳税人合法权益。
一、自然人转让股权后申报缴纳个人所得税需要遵守的规定有哪些
1、《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》，个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地税务机关为主管税务机关；
2、具有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：
(1)受让方已支付或部分支付股权转让价款的；
(2)股权转让协议已签订生效的；
(3)受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的；
(4)国家有关部门判决、登记或公告生效的；
(5)本办法第三条第四至第七项行为已完成的；
(6)税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形；
3、纳税人、扣缴义务人向主管税务机关办理股权转让纳税(扣缴)申报时，还应当报送以下资料；
(1)股权转让合同(协议)；
(2)股权转让双方身份证明；
(3)按规定需要进行资产评估的，需提供具有法定资质的中介机构出具的净资产或土地房产等资产价值评估报告；
(4)计税依据明显偏低但有正当理由的证明材料；
(5)主管税务机关要求报送的其他材料；
4、被投资企业应当在董事会或股东会结束后5个工作日内，向主管税务机关报送与股权变动事项相关的董事会或股东会决议、会议纪要等资料。
5、被投资企业发生个人股东变动或者个人股东所持股权变动的，应当在次月15日内向主管税务机关报送含有股东变动信息的《个人所得税基础信息表(A表)》及股东变更情况说明；
6、主管税务机关应当及时向被投资企业核实其股权变动情况，并确认相关转让所得，及时督促扣缴义务人和纳税人履行法定义务；
7、转让的股权以人民币以外的货币结算的，按照结算当日人民币汇率中间价，折算成人民币计算应纳税所得额；
8、公民、单位若不想继续担任某公司的股东，那么可以将股权转让给其他股东、或者是非股东之外的其他原因售卖股份的人。股权转让后，转让股份的一方需要及时的办理纳税申报手续。
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