法律分析：有房屋产权证和土地使用证，但土地使用证在国土局查不到档案。可以到当地不动产登记机构申请重新补办不动产权证，确因档案丢失的，可以重新申请登记予以补发。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第十二条 土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
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