法律分析：不可以。转让指标，属于违规行为。不管市场运作房转让指标协议是否有效，将指标进行交易转让都是违反规定的，转让后的房产也无法办理相关合法手续，指标购买人的合法权益很难得到保障。
法律依据：《不动产登记暂行条例》 第十四条 因买卖、设定抵押权等申请不动产登记的，应当由当事人双方共同申请。属于下列情形之一的，可以由当事人单方申请：
(一)尚未登记的不动产首次申请登记的；
(二)继承、接受遗赠取得不动产权利的；
(三)人民法院、仲裁委员会生效的法律文书或者人民政府生效的决定等设立、变更、转让、消灭不动产权利的；
(四)权利人姓名、名称或者自然状况发生变化，申请变更登记的；
(五)不动产灭失或者权利人放弃不动产权利，申请注销登记的。
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