根据《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。《工资支付暂行规定》第六条规定，用人单位应将工资支付给劳动者本人。
劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。第十五条还规定，用人单位不得克扣劳动者工资。并在列举的企业可以代扣的情形中没有员工借款这一事项。由此可见，相关法律、法规和规章的立法本意，就是为了保护劳动者享有劳动报酬的权利，特别是《劳动法》规定的工资要支付给劳动者本人，其目的就是为了保障劳动者对自己的工资拥有自主使用的权利。
由于工资与借款分属两种不同性质的法律关系，分别受劳动法律法规和普通民事法律法规的调整，不能直接予以相互抵销。一旦双方发生争议，将分别按劳动争议和普通民事借款纠纷处理。劳动仲裁在处理此事宜时，一般都会仅处理工资部分，要求公司补发工资;而对借款部分则要求企业另行向法院起诉。
综上，律师建议，企业不宜在未取得员工书面同意的情况下擅自扣除借款，除非在扣款前取得员工书面同意且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
一、迟到扣工资合法吗
企业对迟到的员工进行扣除相应的工资是不符合法律规定的。理由如下：
1、我国《企业职工奖惩条例》早就就废止了企业拥有的罚款权这一项，用人单位不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款；
2、在员工无正当理由迟到，因迟到导致用人单位经济损失的，用人单位就可以对员工的工资进行惩罚性的扣除，公司可根据经济损失的具体数额，月扣除劳动者部分工资，但不得超过劳动者当月工资的20%，如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付，除此之外，劳动者还应当赔偿损失，用人单位也可以与劳动者解除劳动合同。
有以下情况扣工资属于违法：
1、企业给员工每个月几天自由选择放假的时间作为福利，但存在一些用人单位为避免员工请假，规定请假期间扣除员工正常工资以上甚至三倍的工资，属于违法行为
2、怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，检查期间的工时应按出勤对待，不能按病假、事假、旷工处理。如果用人单位因女职工请假去产前检查而罚款，属于违法行为；
3、一些单位借公益募捐活动名义，扣除员工工资进行捐款。要注意用人单位这样的行为也是违法的，公益捐款应由职工自行决定，任何用人单位都不得强行扣除职工的工资。所以，但凡是有强迫性质的要求捐款都是违法行为，员工有权利拒绝；
4、一些用人单位为避免员工辞职，而故意拖欠和克扣员工工资的行为属于违法；
5、用人单位即使经营亏损甚至破产，也必须支付劳动者的工资。所以，用人单位以员工未达标克扣工资也是违法的；
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