高考540分理科的考生，可以考虑报考以下大学：
1. 山东大学：位于山东省济南市，是一所综合性大学，理科实力较强。可以选择报考该校的理学院、工学院等相关学院专业。
2. 南京理工大学：坐落在江苏省南京市，是一所以理工为主的学校，理科优势明显。可以选择报考该校的理学院、工学院等相关学院专业。
3. 吉林大学：位于吉林省长春市，是一所全日制普通本科高校，理科教育具有较高的声誉。可以选择报考该校的理学院、工学院等相关学院专业。
4. 东北师范大学：位于吉林省长春市，是一所综合性大学，理科教学水平较高。可以选择报考该校的理学院、工学院等相关学院专业。
5. 北京师范大学：位于北京市，是一所以师范为特色的综合性大学，理科教育领域拥有优势。可以选择报考该校的理学院、工学院等相关学院专业。
请注意，以上大学仅为示例，还有许多其他大学也适合540分理科考生报考。在选择报考学校时，除了专业设置和教学水平，还要综合考虑地理位置、学校声誉等因素，以做出最符合自己兴趣和发展需求的选择。
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