生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥营养元素齐全，能够改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板结。改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。调理土壤、激活土壤中微生物活跃率、克服土壤板结、增加土壤空气通透性。减少水分流失与蒸发、减轻干旱的压力、保肥、减少化肥、减轻盐碱损害，提高土壤肥力，增强作物抗病性和抗逆性、减轻作物因连作造成的病害和土传性病害，降低发病率，提高农产品品质。
生物有机肥中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成相互间的共生增殖关系，抑制有害菌生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，起到群体的协同作用，有益菌在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促使有机物的分解转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。生物有机肥减少环境污染，对人、畜、环境安全、无毒，是一种环保型肥料。
生物有机肥营养全面，富含作物生长所需的各种元素，如氮、磷、钾、硫、钙、镁、锌、硼、铜等元素，保证作物在生长过程中不会出现各种缺素情况；生物有机肥缓释、长效、高能，根据作物的需肥特点，采用生物缓释技术，保证作物在整个生长过程中不出现前期旺长、后期脱肥的情况。
由于生物有机肥含有生物菌所以在施用时一定要采用沟施或穴施，千万不能撒施，以免降低肥效，影响施用效果。
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