灵谷寺最初为南朝梁武帝为尊崇宝志禅师兴建的“开善精舍”，位于紫金山独龙阜玩珠峰南麓，始建于南朝天监十三年(520xx年)，梁武帝为埋葬宝志和尚，在独龙岗建开善精舍和志公塔。
唐朝乾符年间改名为“宝公院”。
宋开宝年间， 易名为开善道场。
宋太平兴国四年(979年)，宋太宗题寺额为“太平兴国禅寺”。
元朝及明朝初年时被称作“蒋山寺”。
明太祖朱元璋选定此处修建自己的陵墓明孝陵，于洪武十四年(1381年)将原寺移到灵谷寺现址，地形是“左群山右峻岭”之间的一片谷地，可谓山有灵气，谷有合水，故而命名为“灵谷禅寺”。用砖石砌成的无量殿(又称无梁殿)，安置无量寿仏本尊，灵谷寺的寺匾额是朱元璋所赐，并敕封寺名“灵谷禅寺”。当时灵谷寺规模很大，占地500余亩。还有灵谷塔和三绝碑等胜境;玄奘纪念堂中供奉玄奘法师坐像，像前的玄奘法师顶骨纪念塔中有玄奘顶骨舍利。
清朝初年，遭受冰火打击，但次年很快地就复兴了，清康熙四十六年(1720xx年)，康熙南巡时，临幸钟山，御赐“灵谷禅林”匾额，并书“天香飘广殿，山气宿空廓”对联赐寺。 虽接待过康熙帝与乾隆帝在这里逗留。但是，建筑大多毁于清朝咸丰同治年间清军与太平军的兵火，虽然同治年间寺院在曾国藩等人得以重建，规模已大不如明代灵谷寺的威容盛况。
民国十七年()，国民政府在灵谷寺原址建设国民革命军阵亡将士公墓，原灵谷寺则迁至东侧同治六年所建的龙神庙。四方墙壁设置了110座石碑，刻有国民革命军阵亡将士名单。
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